El gobierno republicano mexicano no desapareció durante el Segundo Imperio (1864-1867), sino que entró en un estado de resistencia armada y diplomática desde el exilio.
Cuando las tropas francesas y conservadoras invadieron México en 1862, el presidente Benito Juárez vio cómo su autoridad constitucional era desafiada directamente. Ante la inminente caída de la capital, el Congreso y la Suprema Corte se trasladaron a San Luis Potosí, estableciendo allí un gobierno itinerante que mantuvo viva la bandera republicana y la continuidad institucional del país.
Este periodo, conocido como la Guerra de Reforma invertida o simplemente la resistencia juarista, se caracterizó por una lucha desigual contra el ejército mejor armado de Europa. Juárez rechazó firmemente el reconocimiento internacional de Maximiliano, argumentando que la legitimidad solo derivaba de la Constitución y del voto popular. Mientras tanto, los estados del norte, como Sonora, Chihuahua y Coahuila, mantuvieron su lealtad a la República, creando un frente interno de resistencia que sofocó el dominio imperial en las regiones más alejadas de la influencia francesa.
La caída del Imperio fue inminente tras la retirada de las tropas francesas en 1867, lo que dejó al Emperador Maximiliano I sin su principal respaldo militar.
El gobierno republicano, liderado por Juárez y el general Ignacio Zaragoza (quien había muerto en Puebla pero cuyo legado inspiró a muchos), retomó la ofensiva. La victoria republicana en la Batalla de Puebla contra las tropas de Miramón marcó el inicio del fin del imperio. Maximiliano I fue capturado en Querétaro en mayo de 1867, tras un asedio prolongado, y posteriormente juzgado por un tribunal mixto, siendo fusilado en el Cerro de las Campanas junto con dos de sus generales más leales: Miguel López de Mendoza Miramón y Tomás Mejía.
Con la ejecución del emperador, Benito Juárez regresó a la Ciudad de México en junio de 1867, restaurando plenamente el orden constitucional. Este retorno no fue solo una victoria militar, sino un triunfante regreso a la legalidad republicana que había sido defendida desde los confines del país.
La resistencia del gobierno republicano demuestra que la legitimidad política en México no se basaba únicamente en el control territorial, sino en la adhesión a los principios constitucionales. La victoria final no fue solo militar, sino ideológica, asegurando que la República prevaleciera sobre el absolutismo imperial y sentando las bases para la consolidación moderna de la nación mexicana.