La caída de Troya no marcó un final en paz, sino el inicio de una nueva era marcada por la desgracia divina, el exilio y la transformación del mundo heroico. Según la tradición mitológica, especialmente detallada en la Iliad (que deja abierta la historia) y completada por textos posteriores como los Cíclos Épico, la destrucción de la ciudad fue solo el primer acto de una tragedia colectiva para los griegos. Los dioses, particularmente Ayena (vengativa por el sacrilegio de Agamenón) y Poetades (iracunda por la violación de Casandra), orquestaron catástrofes durante el regreso a casa, conocido como el Nóstoi.
Este periodo posterior al saqueo se caracteriza por la pérdida de los grandes héroes. Ayaces, rey de Lócrida, fue asesinado en sueños por un delfín enviado por Neptuno, guiado por su propia espada. Agamenón, el comandante supremo, no sobrevivió ni a la conquista: al regresar a Micenas, fue traicionado y asesinado por su esposa Clytemnestra y su amante Egistos, que habían planificado este crimen durante años para vengar el sacrificio de su hija Ifigenia. La muerte de Agamenón desató una dinastía de sangre en Argólida, culminando con la venganza de su hijo Orestes.
Por su parte, Odiseo, aunque sabio y astuto, no tuvo un regreso tranquilo. Su viaje de vuelta a Ítaca duró diez largos años, lleno de monstruos, dioses caprichosos y tormentas enviadas por Posidón, a quien ofendió cegando a Polifemo. Odiseo perdió a todos sus compañeros en estas travesías, llegando solo para enfrentar el asedio de los pretendientes en su palacio. Su historia es la prueba definitiva de que la guerra terminó, pero la supervivencia fue una batalla individual contra el destino.
Entre los sobrevivientes más notables se encuentra Telemaco, hijo de Odiseo, quien creció durante la ausencia de su padre y asumió las responsabilidades del hogar. Ayante (el pequeño, hijo de Oileo) fue asesinado por un toro enviado por Apolo en la costa de Tracia. Ulises finalmente reconquistó su trono tras matar a los pretendientes, pero su reinado en Ítaca fue breve y solitario.
El destino de las mujeres también fue trágico. Casandra, la profetisa troyana, fue llevada como esclava por Agamenón, quien la violó. Tras la muerte del rey, ella quedó bajo el cuidado de Orestes, pero su maldición (nunca creería en sus profecías) la condenó a una vida de desdicha hasta ser asesinada en Delfos. Andrómaca, esposa de Héctor, fue llevada como esclava a Grecia y se casó con Pirros (Neoptolemo), hijo de Aquiles, para formar alianzas políticas, pero acabó siendo exiliada y muerta en la guerra entre los epigónidas.
En el plano histórico y arqueológico, las evidencias son más sutiles. La ciudad de Hissarlik (Troya VII) fue destruida por fuego alrededor del 1180 a.C., coincidiendo con el periodo final de la Edad del Bronce en el Egeo. Esta época vio un colapso generalizado de las civilizaciones palaciegas, migraciones masivas y una pérdida de alfabetación que duró siglos (oscuridad griega). La 'Guerra de Troya' homérica es, por tanto, la memoria mitizada de estos trastornos geopolíticos profundos. El mundo heroico terminó; los dioses retiraron su atención directa, dejando a los hombres solos con sus vicios y virtudes, dando paso a una era más oscura pero que eventualmente sentaría las bases para la Grecia clásica.
La historia posterior a Troya sirve como una gran alegoría del costo humano de la ambición y la guerra. Lejos de ser una celebración triunfal, los mitos del regreso narran la fragmentación de la sociedad heroica griega. La caída de Troya no liberó a los héroes, sino que los condenó a una lucha final contra sus propios demonios internos y los caprichos de los dioses, marcando el fin definitivo de la era mítica y el inicio del mundo histórico más complejo y oscuro.