Las medusas forman parte de la dieta de una gran cantidad de depredadores marinos, desde pequeños peces hasta mamíferos de gran tamaño. Aunque muchas especies resultan peligrosas por su veneno, existen animales con mecanismos fisiológicos o comportamiento especial para neutralizar sus urticantes. Entre los más destacados se encuentran las tortugas marinas, especialmente la tortuga boba (Caretta caretta), que consume medusas de forma regular y puede incluso almacenarlas en su boca durante un tiempo antes de tragarlas, reduciendo así el efecto de las células urticantes.
Otro depredador fascinante es la manta raya cebra (Manta birostris), que filtra grandes volúmenes de agua con su boca abierta y se alimenta de plancton, krill y también de medusas pequeñas. Asimismo, el pez luna (Mola mola), el pez óseo más pesado del mundo, también incluye medusas en su alimentación. Diversos tipos de tiburon, delfines e incluso algunas ballenas se alimentan parcialmente de ellas, dependiendo de la temporada y la abundancia de presas en su hábitat.
En resumen, las medusas forman parte importante del ecosistema marino como presa de diversos animales, siendo las tortugas marinas, las mantas rayas, los peces luna y ciertos cetáceos los depredadores más representativos de esta gelatinosa fauna acuática.